боюсь что вам нужно переучиваться
Основная сложность винды в том что она не похожа ни на ндну другую ос, и да не наоборот, урод в этом семейтве именно винда, все ос в мире имеют именно такюу структуру и скажу вам она куда как более правельная.
Все что средний пользователь может сделать, все лежит в папке /home
и в этом есть логика, что касается остальнрых папок
если в винде хранени еидет программа-каталог+риестр
то в линуксе программа хранится по другому
Dll в ПаПке С Длл
экзешки в папке с экзешками
логи в папке с логами
нет паки с самой программой,то есть она может быть но в ней не будет даже запускаемого файла.
Тем более в линуксе вы привыкниет работать с консоли ибо это удобнее.