Let's Encrypt это точно такой же сертификат, как и платные (за исключением усиленных)
Разработчики данного сборщика сертификатов выдают на самом деле не бесплатно, если в кратце, то собрались как то большие дядьки из таких компаний как cisco mozilla google и др. и решили перебросить сайты на https, для использования протокола безопасности, если бы они просто сказали людям, что теперь в браузерах будут блокироваться сайты http (а так и хотели сделать), то люди бы послали по дальше google mozill'у и другие браузеры, которые это делали бы, и просели бы акции компаний, и потеряли бы они много лярдов, но есть выход, вложить в одну из компаний, которая будет выдавать сертификаты бесплатно, и пал жребий на ISRG, договорились они что будут платить этой компании, а те в свою очередь, будут выдавать сертификаты на халяву, что теперь и происходит.
Платные сертификаты раньше выдавали много компаний, при данных обстоятельствах эти компании просто оставили свой функционал выдавать сертификаты за деньги, ведь им то не платят за раздачу халявы, а люди не знающие, что разницы нету, покупают их.
Усиленные сертификаты можно только купить и только организациям или ИП, но они по факту используются только платежными системами, на том сервере, где проходят платежи, в других случаях они не используются, т.к. это пустая трата денег компании.