Виктор

Вообще не надо ничего делать! Достаточно только изредка (раз в несколько месяцев) ставить SSD под электропитание на несколько часов. Он сам с собою разберётся.
То же самое и для обычных USB -флэшек.
Подробности вот тут.

Есть некоторый шанс, что ваш SSD не сдох, а просто засрался несобранным "мусором" (в его контроллере среди прочего постоянно в фоне крутится алгоритм "сборки мусора" - прямо скажем, небыстрый, требующий достаточно времени для своей работы, подробности вот здесь). Если SSD постоянно пишет/читает, то контроллер не успевает очищать использованные страницы NAND-памяти для новых циклов работы, и они постепенно забиваются. Попробуйте просто оставить его под питанием на несколько часов, а потом снова проверить Викторией и сравнить с предыдущей проверкой.
У меня был случай, когда Виктория показала дисковое пространство SSD наполовину битым, но после ночной выдержки под питанием он полностью восстановился.

Выходной разъем type C

Во-первых, выходной разъём не type C, а USB type C (или в просторечье USB-C). Разница большая - добавка "USB" сразу напоминает, что этот разъём служит не только для подачи электропитания.
Во-вторых, по этому каналу БП получает возможность обменяться с питаемым устройством кучей информации, причём не только насчёт требуемого устройству напряжения, но и, например, о производителе устройства (как известно, многие производители сильно озабочены тем, чтобы их устройства, не дай бог, не запитали от "чужих" зарядников).

Я искренне не верю в это

Значит, вы человек молодой и не застали засилья подобного вирусняка. Это было примерно во времена Win98-WinXP.

и прошу обьясните откуда такая фобия у людей и реально ли это?

Это не фобия, а реальные события, хотя и давно прошедшие. А как это было устроено, объясняю.
Винда тогда (да впрочем, и сейчас) по умолчанию устанавливалась с включённой опцией автозагрузки. Если на подключаемом носителе в корневой папке имелся файл с именем autorun, то она его автоматически открывала. Открытие файла типа .bat и .exe означает его запуск на исполнение. Т.е. трояну было достаточно переименовать себя в autorun и переписаться в корневую папку - вот и путь к заражению. Кроме того, Проводник по умолчанию имел (и до сих пор, в Win10 имеет) настройки не показывать скрытые и системные файлы, а также расширения имён всех файлов. Т.е. то, что какой-то файл имеет на конце имени неожиданную добавку .exe, пользователю не видно, даже если он внимательный. Также ему не видно наличие скрытого системного файла autorun.
Ещё одна интересная уловка, которую использовал один из тогдашних вирусов, заключалась в подмене картинки ярлыка файла типа .exe на картинку ярлыка папки и переписывание себя рядом со всеми папками с унаследованием имён этих папок. Т.е. рядом с имеющимися папками появлялись их как бы вторые экземпляры, в действительности являющиеся не папками, а исполняемыми exe-файлами трояна. Если пользователь делал дабл-клик по такому значку, то троян активизировался (а вероятность такого клика, как вы понимаете, была 50%) и делал свои чёрные дела.

Проблема с выбором питания для проекта:

Двоеточие в конце предложения намекает, что автор вопроса сначала решил рассказать, что это за проект, но потом передумал и оставил это в секрете. А зря - чем больше инфы имеют отвечающие, тем правильнее их ответы.

Рассматривая вариант Li - Pol аккумуляторов...
Как вариант рассматриваю баночные Li - ion...

С точки зрения электрохимии эти варианты - одно и то же. Литий-полимерные отличаются только конструктивным исполнением.

(для них готовые зарядки)

Для липовых тоже есть готовые, причём те же самые, что и для ионных (см. предыдущий абзац).

Просто припаивать плату защиты/зарядки и заряжать от USB 5V?

Именно так - просто припаивать. От 5 вольт можно заряжать только одну последовательную секцию (профи говорят - 1S) через платку BMS, например, типа TP4056 (самый распространённый и дешевый вариант):

Не опасно ли это(они вроде взорваться могут)?

Да, могут, именно поэтому их запрещается эксплуатировать без контроллера BMS. Простейший BMS типа TP4056 обеспечит ток заряда до 1 ампер и предохранит от перезарядки (т.е. от взрыва) - выключит зарядный ток при достижении напряжения 4,25 вольт. Больше он ничего не умеет, но больше и не требуется.

Про контроллер: он питается от 5V,

Это понятно.

буду ставить понижающий трансформатор

Это совершенно непонятно. Какой ещё нафик понижающий трансформатор??? С каких хренов этой железяке с кучей обмоточных проводов место возле аккума?

Схема подключения повторителя сделана неверно, нельзя подключать ОУ для обработки сигнала, от которого этот же ОУ питается. Сначала надо смасштабировать этот сигнал до уровней линейного диапазона этого ОУ, например, с помощью резисторного делителя на входе ОУ, а его выход напрямую, без делителей, соединить со входом АЦП.
Причина вашей ошибки - скорее всего, даташит, из которого взята вот эта страница:

Тут сказано, что LM358 может обрабатывать сигналы вплоть до -0,3 вольта, т.е. ниже минуса питания. Это правда, он действительно может это делать, такова особенность его схемотехники. и за это мы его так любим. А вот насчёт плюса питания он так не может - входное напряжение не имеет права выходить за пределы плюса, оно должно быть несколько ниже (обычно на 1...1,5 вольт), чтобы входной диффкаскад смог с ним корректно работать. Написанное в даташите, что он может это делать - неверно, он этого не сможет. Гляньте на его схему - если базу входного транзистора соединить непосредственно с питанием, то этот транзистор просто закроется.
Как возникла эта ошибка, и почему до меня её никто не заметил, мы тут обсуждать не будем. А исправить вашу неприятность очень легко - перепаяйте делитель 6ком/1ком с выхода ОУ на его вход, и всё придёт в норму.

Всё элементарно просто. Набираете в поисковой строке Гугла такой текст - 1602 datasheet. Гугл выдаёт вам почти 4000000 ответов. Выбираете тот, который нравится. Мне понравился вот этот - https://www.openhacks.com/uploadsproductos/eone-16...
Третья страница этого даташита содержит исчерпывающий и (главное!) точный ответ на ваш вопрос:

Точно так же поступайте и в дальнейшем - тем самым вы сохраните наше время для действительно интересных и важных вопросов (вместо того, чтобы быть при вас личным поисковым оператором), заодно и научитесь гуглить. Возможно, не сразу, возможно с тысячной попытки, но таки научитесь.

1. RG58 - кабель не шикарный, ширпотребовский, зато дешевый и везде доступный. Его широко применяют для Си-Би-связи (27 мГц). Для вашего случая хотелось бы что-то получше, т.е. побольше диаметром, которое будет сильно (в разы) подороже. Но на крайняк сойдёт и это.
2. Штырёк 10 см - это не "без антенны", это и будет ваша антенна, совершенно ненаправленная, не имеющая согласования с фидером и худшая из возможных. Преимущество её единственное - не будет потерь в разъёме ввиду его отсутствия. Ну и простота изготовления, конечно.
3. Большие потери в кабеле и ненаправленность антенны можно скомпенсировать, воспользовавшись направленной антенной. Вы ведь, надеюсь, будете пользоваться конкретной базовой станцией - той, которая ближайшая? Вот и прицельте на неё свою направленную антенну. Она повысит уровень сигнала на величину своего коэфф. усиления, который даже в простейшем случае бывает значительным (например, "двойной квадрат" Харченко, который способен изготовить даже школьник, имеет усиление 7...8 дб).

Я уже отвечал, что классический тест для этой цели - это "тест одной руки": если одной рукой удаётся открыть крышку с экраном, не придерживая второй рукой корпус, то шарниры не перетянуты. И если крышка, оставленная под 45 градусов, не падает назад на клавиатуру, а остаётся висеть в этом положении, то шарниры не недотянуты.
Каким способом наладчик добьётся этой натяжки - его проблемы. Если для этого требуется пересобрать ноут несколько раз - ну значит, надо пересобирать несколько раз.
А что касается того,

что не собранный до конца ноутбук нельзя закрывать и открывать крышку

то это относится не к шарнирам, а только к риску оборвать один из шлейфов, ведущих к крышке. Просто надо быть поаккуратнее.