Да, мелкософтовский удалятор программ подкидывает иногда такие фокусы. А помимо того, он ещё и нечисто удаляет - после него в ОС остаются кучи недоудалённых остатков, всё больше замусоривающих ОС, что приводит в конце концов к необходимости её чистой переустановки.
Вот по этим причинам лично я для удаления программ пользуюсь исключительно специальными деинсталляторами, и другим это советую. ПМСМ, лучший из них - Your Uninstaller! (именно так, с ! на конце). Работает он в 3 прохода: сначала запускается виндосный удалятор, затем ищутся оставленные им клочки программ (файлы, папки, ключи реестра), предъявляются владельцу компа, и с его согласия удаляются. Поиск недоудалённого может быть разный по глубине, я ставлю средний. Кроме того, YU содержит кучу дополнительных опций, например, управление автозапуском (там можно убрать автозапуск всякой дряни, норовящей пролезть туда в обход владельца компа и без его согласия)
Есть также GeekUninstaller, работающий в один проход, но с ним (и с качеством его работы) я знаком меньше.