Слетает файловая система - почти наверняка извлечение из usb происходит без предварительного выбора пункта меню в трее - безопасное извлечение накопителя. Так же можно в свойствах диска найти в вкладку устройства и отключить стратегию кеширования записи, это замедлит работу с мелкими файлами но даст гарантию, что если приложение закончило писать файл, то флешку можно извлекать безопасно (точнее меньше шансов получить нарушение файловой системы).
usb flash самый ненадежный носитель данных, из-за того что в него вставляют не очень умный контроллер, у нее хуже охлаждение и в ней скорее всего используют дешевую память. У меня есть пример несколько флешек (от дешевых и старых до midend usb3) которые от лежания
в ящике стола чуть больше года перестали работать (а одна теперь работает только в usb2 разъемах)
Cледующий по ненадежности накопитель - ssd, это та же флешка но с умным контроллером, с немного лучшим охлаждением и можно найти на рынке чуть повыше надежность (обычно дорогие модели) где производитель об этом задумался. Их так же рекомендуется периодически подключать к компьютеру чтобы контроллер оптимизировал размещение данных и они так же боятся жары (оставить флешку на солнце почти гарантированная ее смерть).
Самый наименее ненадежный накопитель - hdd с низкими скоростями вращения шпинделя и не самыми современными техпроцессами (низкая емкость), настоятельно рекомендую не брать диски больше 1Тб для такой задачи, по крайней мере после преодоления 1Тб накопители стали чаще выходить из строя (возможно это проблема не технологии а сноса крыши у производителей, которым никто не запрещает по максимуму эксплуатировать запланированное устаревание)
Напоминаю, вероятность выхода из строя hdd диска среднего ценового диапазона гуляет вокруг 1.5% за первые 5 лет, и максимум выпадает на первый год работы. Какая-нибудь дешевая 3Тб тошиба будет выходить из строя с вероятностью в 7% (личное наблюдение). Вероятность выхода из строя диска, который постоянно включают и выключают - значительно выше (в разы).
Всякие экзотические средства типа компакт диски или магнитные вообще самые ненадежные или создающие иные проблемы. Кто то тут вспомнит про перфокарты или лучше печать qr-кода в т.ч. в металле, да это надежно но не подходит для 99% целей хранения. Если бы технологию записи данных в кварцевом стекле делали бы не майкрософт, была бы на них надежда что они будут доступны потребителю, но увы.
Хранить данные в одной копии - лучший способ их потерять. Настоятельно рекомендую делать резервную копию.
Если опасаешься аппаратных проблем, можно воспользоваться технологией raid, когда надежность диска повышается многократно за счет объединения вместе нескольких дисков (одинакового размера) за счет потери итоговой суммарной емкости равной размеру одногодиска (raid mirror 2 диска размер 1 диска, raid5 - от 3-х дисков размер итоговый 2 диска,при этом если дисков будет 32 то итоговый размер будет все равно на 1 меньше). При использовании raid1/raid5 возможна безопасная потеря 1 любого диска, raid6 - двух. Само собой когда диск умирает, рейд переходит в ненадежное состояние и необходимо заменить сбойный диск, для приложений эта замена проходит незаметно (падает производительность на время замены)
Софтварный raid в linux позволит делать его из любых устройств, хоть флешек! как бы это не выглядело странно. В windows removable диски кажется нельзя напрямую так использовать, но можно обойти ограничение с помощью виртуальных дисков .vhdx
само собой при использовании raid бездумно извлекать его составные диски из компьютера нельзя, нужно сначала останавливать его и только потом отключать диски
