Мешать может, винда иногда грешит блокирующим IO даже не на системном диске. А бэды и IO ошибки резко увеличивают latency, что визуально ощущается как тормоза.
Для начала посмотреть SMART диска. Если бэды, то менять диск, если ошибки IO, то для начала можно кабель поменять.

P.S. ЕМНИП это далеко не первый вопрос от Вас на эту тему, везде в ответах говорилось про проверку SMART но от Вас я реакции не видел. Скачайте прогу по ссылке и приложите скрин.
Без диагностики харда все остальное - гадание на кофейной гуще.