Под лицензированием имеется в виду просто покупка лицензионных программ и ОС вместо пираток?
Тогда, собственно, какие проблемы?
Переписываем то, чем на рабочих местах пользуются.
Вычеркиваем (и сносим) то, без чего вполне можно обойтись или что можно заменить бесплатными альтернативами.
Внезапно может оказаться, что цена вопроса не так уж и велика, потому что ничего, кроме системы, офиса и браузера, на многих рабочих станциях не требуется. Для таких рассматриваем перевод на Линукс как вариант. Препятствием может быть необходимость иметь именно M$ Офис, администрирование всего парка через Вин-сервера или дерьмовые железки, умеющие работать только под Винду (принтеры, в первую очередь).
Ну, и закупаемся лицензиями, где это действительно необходимо.