Виктор Петров

Для начала стоит понять, для чего микроразметка нужна.
Вот у вас товар. А вот поле с названием, вот - с артикулом, ценой, описанием. Выводим по заданной спецификации. Меняются данные в поле - меняются данные в микроразметке.
Уточню: смотрите на синтаксис. Тот, кто ставил ТЗ, чуть перемудрил. Разметка хардкодом не нужна (RDFa подразумевается). Нужен JSON-LD.
Всё прочее смотрите в официальных доках. Кроме них есть тонны сервисов, которые помогут сформировать разметку для чего угодно, только разберитесь, как внедрить.

robots.txt - это про сканирование, а не индексацию. URL с параметрами надо склеивать. Для Яндекс есть Clean-param, прекрасно работает. Для прочего есть канонические адреса и мета robots.

Такая возможность есть и в бесплатной версии.

Представители Гугл упоминали, что полная переклейка составляет год. После этого старый домен можно утилизировать, он бесполезен.
Я бы в любом случае так делать не стал, если уже есть пристойная ссылочная масса на старый домен. Его можно использовать как прокси-домен, и в таком виде он всё ещё может принести немало пользы, если вы занимаетесь линкбилдингом. Подвязан - хлеба не просит, денег запредельных не тратит.

Сформулировано крайне путано, но предположу, что речь всё-таки о тегировании страницы в рамках избавления от дублирования.
Если поисковая система не может увидеть разницу между разными URL - надо в принципе понять, есть ли эта разница фактически. Для этого можно посчитать запросный кворум, сопоставить релевантность этих страниц одним и тем же запросам в сравнении с эталонным корпусом, в принципе глазками посмотреть - разница-то есть?
Если речь о всё таки разном контенте, просто отличающимся минимально (название товара, артикул, цена) - можно попробовать решить проблему с помощью микроразметки и вывода каких-то вспомогательных блоков (похожие товары, тот же бренд, отзывы и т.п.).
За счёт одних только тегов выехать можно. Но они должны не только кардинально отличаться от аналогичных на нечетком дубле, но ещё и не выламываться за пределы заданной матрицы. ПС должны чётко видеть семантические связи.
Ну, а на следующих итерациях вопрос будет решаться на уровне пользовательских сигналов - куда пойдёт трафик по ожидаемым запросам и будет ли он конверсионным.

А цель-то какова?
Вообще говоря, вариант один: ссылка должна оборачивать заголовок, не наоборот. Это всё, скорее, про валидацию, и про учёт ссылочных анкоров. Но если речь об учете этих самых анкоров в рамках текстового анализа - разницы особой нету.

Безанкорные ссылки в рамках сайта не нужны. Это пустая ссылка, она никак не описывает страницу-реципиент. Разумеется, никто наказывать за такое не будет, но вы попросту сливаете ссылочный вес в пустоту.
Если вам так уж важна кликабельность всего блока - продублируйте ссылку. Пусть она оборачивает div, но в рамках div будет нормальная анкорная ссылка (у вас - на заголовке).
Это нормальная практика.

Если у сайта только одна страница, которую цитируют другие - разве это хорошо и естественно? В нормальном случае люди в принципе не ходят на главные страницы, если речь - о сеошке. Из поиска они попадают на конкретные посадочные страницы по конкретным же запросам. А тут - ну, либо бренд очень раскачанный, уровня WB, либо ссылочный профиль всё таки кривой.
И да, в Гугл такая схема может и работать. В Яндекс - нет, разве что как цитирование бренда. В счёт идут только анкорные ссылки, и лучше всего - ведущие на конкретные посадочные страницы. Проверяется очень просто: посмотрите на "быстрые ссылки" в Вебмастере. Там в предложенных - именно внешние анкоры.

Конкретно тут попробуйте экшены Маргулиса - особливо глядя на H/K, Skin Desaturation, а потом аккуратненько - Color Boost, возможно, по масочке.
Очень похоже выглядит на результаты его "открыточной" машинки.

При прочих равных хорошо структурированный url с ключами может быть маленьким фактором в плюс.
Но этих "прочих равных" не бывает.
Можно подзабить, тем более, что у вас ЧПУ - в обоих примерах.

Если речь про поведенческих ботов - то тут проверенная связка CloudFlare + Antibot. Никакими плагинами вы с проблемой не справитесь, поскольку всё упирается в невозможность полноценно выявлять ботов.
Можно, конечно, заблокировать переходы из ненужных стран, подсетей и т.п., но практика показывает, что вы таким образом неизбежно блокнете и живую целевую аудиторию.
Проблема характерна для любого сайта в топах, где жив трафик, практически все решают её с помощью CF.

А зачем убирать?
Это, в общем-то, опция безопасности, закрывающая одну старую матерую дырку.

Почитайте справку Гугла про софт-404. Очевидно, что сервер отдаёт роботу не совсем то, что отдаст нормальному живому человеку. Когда вы в браузере получаете нормальную страницу, робот может получить обломок.
Если же речь о реальных 404 – то и здесь стоит оценить системные ресурсы и настройки парсинга. Вероятно, сервер просто не вывозит нагрузки.

"Дырок" основных не так много.
а) Если речь о виртуальном хостинге – то это первая вероятная дырка. Через шелл или БД.
б) "Нулленый" шаблон или просто кривой шаблон. Их краулерами обнаруживают те, кто знает об уязвимости или сам "закладочку" вкрячил.
в) Плагины.
Попробуйте Wordfence установить. Как минимум, "закладки" в плагинах и шаблонах он находит. А на сайте у них информации по уязвимостям и проблемным шаблонам/плагинам - море. Я бы с этого начал.

Сколько путаницы.
Чтобы деиндексировать сайт, правильнее всего всем страницам присвоить мета "robots" со значением noindex.
Мгновенного результата это не даст. Впрочем, мгновенного результата это не даст при любом способе.
В robots.txt вы прописываете запрет на сканирование - что вовсе не равнозначно запрету на индексирование. В выдаче достаточно сайтов, сниппеты с которых не выводятся: скачивать странички запрещено директивами robots.txt. А ссылки в выдаче - есть. И даже в топах. Потому что даже если там есть мета с запретом на индексирование, ПС об этом узнать не могут - поскольку сканировать/скачивать страницу им нельзя.
Помимо мета рекомендую воспользоваться инструментарием Яндекс-Вебмастер и Search Console. Там есть инструменты, позволяющие напрямую запросить удаление из индекса ненужного контента.

И имейте в виду, что все эти меры в принципе ничего не гарантируют. Это лишь пожелания, не приказы. А тот же гуглобот по деиндексированным и удаленным URL может потом ходить годами. Зачем – не знаю.

Процедуры-то стандартные.
Мелочёвку можно и на проде править чаще всего. А для редизайна - на копии, где-нибудь на техническом домене. Чтобы всё уронить по такой схеме - постараться надо.

Не факт, вообще не факт.
Яндекс с февраля колбасить начало, апдейты ежедневно и чаще. Судя по динамике, что-то регулярно пересчитывается, и сайт подрастает. А потом пересчитывается другая группа метрик, и сайт валится. Например, у страниц высокая текстовая/коммерческая релевантность, но недостаток поведенческих. Или ровно наоборот.
То, что Гугл идёт ровно - ни о чем не говорит. Там всё вообще очень медленно, а если сайт в принципе там позиций не имеет – то тем более.
Задайте своим подрядчикам по SEO прямой вопрос: в чем проблема, с чем связаны скачки. Для старта - оптимальный вариант. Если внятно не ответят – ищите стороннего аудитора.