Виктор Петров

Всё, что не относится к формированию шаблона, и не представляет собой ценности как источник поискового трафика, нужно закрывать от индексирования. Есть поисковый спрос - отдайте в индекс. Нету - закрывайте от роботов.
Закрывать достаточно через robots.txt. В Yoast вы можете прописать мета robots с директивой noindex - но в данном случае это совсем не то, поскольку Яндекс не отличает пока сканирование от индексирования, для него это одно и то же, и при таком подходе вы будете постоянно сталкиваться с "колбасой" в индексе, кучей ошибок и скачками в ранжировании.

Тут два варианта: либо редиректит на уровне htaccess или functions, либо речь о плагине. Плагин можно отключить, а серверные редиректы найти в системных файлах.
Иначе, наверное, никак. В БД это едва ли есть.

Сейчас я бы рекомендовал использовать Clean-param в robots.txt. Таким образом Яндекс поймёт, о какой страничке речь, и склеит все дубли. Таким образом, вы не потеряете в поведенческих сигналах для основной посадки (как было бы при использовании Disallow), и проблема будет устранена.

Чтобы делать конкретные выводы, надо проводить хотя бы короткий аудит. Я посмотрел одну страничку из тех, что есть на сайте, но нет в индексе - глобальных проблем технического характера не увидел.
Однако что бросается в глаза - так это отсутствие информации о компании на сайте. Яндекс не станет высоко ранжировать компанию, о которой не имеет информации. Создайте учётку в Яндекс-Бизнес и хорошо заполните профиль, в первую очередь - добавьте юридическую информацию, ИНН, ОГРН, юридический адрес и т.п. Городской телефон - вместо сотовых.
Во-вторых, по прямому витальному запросу в выдаче торчит сайт rems.msk.ru. Это ваш сайт, партнеры, дилеры, конкуренты? У них, к слову, тоже какая-то беда с информацией о компании, но всё таки заполнено получше, и даже есть городской телефон.
Суть в том, что Яндекс не хочет пускать в коммерческую выдачу компании, которые не знает и которым не доверяет. Я бы начинал именно с этого пункта.

Главная страница - это всегда хаб, полная презентация того, что есть на сайте. Если речь про семантику - то тут должны быть представлены ссылки на самые важные разделы. Цвет и объём едва ли относятся к важнейшим ключам в этом случае.
В любом случае - тут в помощь любой приличный текстовый анализатор и сравнение с конкурентами.

Однозначного ответа нет и быть не может.
Наиболее полезны именно анкорные ссылки, их ещё называют "денежными". Именно они влияют на ранжирование, поскольку не просто связывают два хоста, а предлагают ещё и описание страницы реципиента.
Из ключей в анкорах складывается монолитный индекс, составляющий список ключей, по которым страница видна в поиске.
Но надо понимать, что именно за анкоры ПС и наказывают, если сочтут это спамом. Это достаточно тонкий лёд, и вам стоит провести предварительный анализ в своей нише (и гео-зоне). Например, то, за что гугл карает в бурже, спокойно прокатывает (пока) в рунете - хотя декабрьский спам-апдейт тут кое-что поменял, судя по всему.
Яндексу же безанкорка вообще неинтересна. Если вы посмотрите в список "быстрых ссылок" в Яндекс-Вебмастере, то обнаружите, что он предлагает по страницам текст анкоров внешних ссылок (вплоть до "Читать...", "Далее..." и т.п.).
В общем, соберите данные по конкурентам в топах и отталкивайтесь от медианных цифр - по анкорам, объёмам анкорных и безанкорных, явно купленных и естественных и т.п.

Вопрос-то, по сути, не про сеошку. По идее решается средствами сквозной аналитики, там инструментария достаточно.
По факту - всё это будет вилами по воде. В рамках сеошки у вас есть Метрика, GA, данные по динамике в поиске (позиции, траф, оценка качества трафика по каким-то метрикам). И надо понимать, что во многих темах клиент может найти вас в поиске, зайти почитать-посмотреть, сохранить в закладках, потом зайти напрямую хоть даже по брендовому запросу из поиска. А потом просто позвонить или написать в мессенджер через время.
Я бы начал с оценок конверсий в Яндекс-Метрике, если клиенту (если вы сеошите) или вам (если вы владелец бизнеса или маркетолог) нужны данные по конверсиям. Если этого будет мало - надо внедрять сквозную аналитику, тут без вариантов, кмк.

Тут отладка нужна. Предположу, что проблема с версией php на хостинге - это чаще всего встречается. некоторые хостеры позволяют менять её в админке хостинга, я бы начал с этого. Если не поможет - думать, как настроить отладку.

Вариантов много.
а) Печатать как картинки, не как текстовые документы. Банально: берем в "Фотошопе" текстуру состаренной бумаги, на ней заданным шрифтом вставляем текст, можно добавить шумов и мусора одним из способов - я, скажем, кисти Ron Deviney использую. Если речь не о фолианте - вполне себе вариант.
б) Выбрать шрифт, имитирующий старую и дефектную пишущую машинку или печатную машину, а то и рукописный. Таких шрифтов немного, но есть. Потёртости и выпадающую краску там дизайнер предусматривает изначально. Пример навскидку (долго не искал): https://ffont.ru/font/all-used-up
Состаренную подложку можно вставить даже в "Ворде", была бы соответствующая картинка, их в поисковиках - тонны.
Ну, и ничто не мешает распечатку физически "состарить" - для этого используют и разбавленный чай или кофе, и месяцок под солнцем и дождём, на сырости, и вообще на что фантазии хватит.

Рассматривайте это звено как набор ключевых слов. Добавляют ли они что-то текстовой релевантности или просто дублируют заголовок и тайтл? Если нет - то звено лишнее.
Тем более там не нужна кольцевая ссылка, ведущая на эту же страницу..
Единственный вариант, при котором такое звено можно вывести на странице - если у вас в принципе нету товарной микроразметки, но есть микроразметка на "хлебных крошках". Толку там много не будет, но всё таки лишняя возможность для ПС понять, что страница - не полный дубль другой точно такой же.

Причин блокировок - тонны.
Первая - это снижение нагрузки на сервер. Не каждый провайдер спокойно отнесется даже к интенсивному обходу сайта каким-нибудь Screaming Frog.
Вторая - это нежелание отдавать вовне важную информацию по сайту. К примеру, данные о ссылочном профиле, контенту страниц и т.п. Банально: вы не хотите, чтобы ваши данные кто-то банально спёр и разместил у себя - а это обычная практика.
Ну, и есть ещё пачка разных суеверий у вебмастеров, которым дали чьи-то чеклисты, только не объяснили, что это конкретно и для чего.

Дело не в IP, а в фингерпринтах. Туда и советую копать.

Webasyst. Идеален для небольших магазинов. С помощью плагинов реализуемо всё - и без мусора, как у WP, например.
С Битриксом и сравнивать не хочу, Битрикс - не CMS, а платформа для разработки.

Выше уже сказали, что директивы оформлены с ошибками.
Отмечу нюанс: robots.txt управляет сканированием, не индексацией. Это совершенно разные вещи.