Статья 1295. Служебное произведение
1. Авторские права на произведение науки, литературы или искусства, созданное в пределах установленных для работника (автора) трудовых обязанностей (служебное произведение), принадлежат автору.
2. Исключительное право на служебное произведение принадлежит работодателю, если трудовым или иным договором между работодателем и автором не предусмотрено иное.
Если работодатель в течение трех лет со дня, когда служебное произведение было предоставлено в его распоряжение, не начнет использование этого произведения, не передаст исключительное право на него другому лицу или не сообщит автору о сохранении произведения в тайне, исключительное право на служебное произведение принадлежит автору.
Если работодатель в срок, предусмотренный в абзаце втором настоящего пункта, начнет использование служебного произведения или передаст исключительное право другому лицу, автор имеет право на вознаграждение. Автор приобретает указанное право на вознаграждение и в случае, когда работодатель принял решение о сохранении служебного произведения в тайне и по этой причине не начал использование этого произведения в указанный срок. Размер вознаграждения, условия и порядок его выплаты работодателем определяются договором между ним и работником, а в случае спора - судом.
Исходя из этого вам, кроме трудового договора, надо заключить (или упомянуть в трудовом договоре) соглашение о размере авторского вознаграждения (фактически премия за сдачу проекта :) ). Не лишним будет упомянуть, что исключительные права принадлежат вам. Ну и в процессе работы выдавать работнику задания так (под роспись, например), чтобы потом он не смог сказать, что он не получал такое задание, а сидел кодил в рабочее время, потому что вы его не загрузили. Ну и начать использовать в течение трёх лет, либо сообщить о ему о том, что вы собираетесь сохранить программу в тайне.
Плюс ещё нюанс именно для ПО — задание должно быть на создание программы, а не на выполнение работ. Грубо говоря, задание должно быть на создание движка сайта, а не на создание сайта. Но даже в этом случае за автором остаётся право использования программы в собственных целях (затрудняюсь сказать может ли он открыть конкурирующий с вами проект), потому лучше, чтобы он этого права явно отказался в договоре.