Увы, это именно тот случай, в котором использовать "идеологию" Arduino есть зло.
Curly Brace правильно написал - это ШИМ(PWM) - выводы для генерации широтноимпульсной модуляции. Но это вторично.
Первично является то, что в каждый имкроконтроллер вставлена как обычные порты, которые можно настроить как на ввод так и на вывод, так и куча дополнительных функций, кторые за счет потери этих контактов для ввода или вывода можно заставить работать в специфических режимах.
Например выводы XTAL1, XTAL2 и RES уже не доступны для использования в проектах Arduino - они просто выполняют нужную задачу, необходимую самой Arduino. Хотя при желании перепрограмировать их можно запросто. Тоже самое относиться и к TX, RX - либо цифровые выводы, либо UART. И то что называется аналоговыми выводами всего лишь говрит о том, что помимо цифры ихможно заставить реагировать на изменения уровня сигнала в диапазоте от 0 до Vcc, отностильно настроек некоторых регистров и напряжения на выводе ARef с преобразованием сигнала из аналогово в цифровой (ADC).
Помимо этого на борту имеются уже указанные ШИМы, Прерывания, Таймеры и несколько интерфейсов для обмена данными.
Больше инфы об этих плюшках вы найдете в даташите на свой конкретный контроллер в своей версии Ardurinы на сайте
atmel.com 
