Вариант 1 - послать и забыть.
Вариант 2 - переводить из бесплатного в платный.

Базовый функционал есть? Есть
Клиент уже доволен? Доволен
Пора платить деньгу, а так он почувствовал халяву и не слезет с вас.

1. Админов расстрелять, по теме

после модернизации количество работ было таким большим, что одноранговую сеть так и оставили.

Какой то мудак (его уже выгнали) поднял игровой сервер в сети, расшарил инет через мобильный LTE интернет и запустил вирус криптолокер в сеть.

2.

Операционную систему менять нельзя ни в коем случае, так как большинство лабораторных/диагностических программ очень старые, драйвера старые, под новыми системами не хотят дружить.

Если простоя стоит миллионы долларов, то что мешает заплатить пару миллионов на решение это проблемы?
Тут расстреливаем менеджеров, ну тех которых не расстреляли в п.1.

3.

На большинстве компьютеров антивирусная защита отсутствует как таковая, так как на большинстве рабочих станций стоит Windows 98 & XP

Древняя ось, без обновлений (на большинстве уверен вообще обновы не ставились со времени установки), без банального антивируса.
Чего вы ещё хотели то?

Вирусные эпидемии как в вашей ситуации не лечатся путём "а прогоним отот комп антивирусом", их лечат путём "отрубить нахрень всё и переустанавливаем системы ибо хрен пойми какая сигнатура у этой дряни".

Вы влетели по полной программе и решение тут только одно - модернизация железа/ПО, грамотный подход к сети.

А зачем гнаться за трендами?
Увидело что-то новое в JS, пришли домой, под пивко покодили, посмотрели и не более того ибо далеко не факт что клиент когда либо захочет такую фишку у себя на сайте а тратить время на освоение "новой мега рюшки" сильно расточительно.

Это маркетологам принято гонятся за трендами, в разработке всё-же консерватизм дело не не плохое.

Вон простой пример - "Селфи палка", многие себе накупили, магазины ими затарились, а народ месячишку побесился и забил. Магазины теперь не знают куда их девать. Так и с сайтами, прикрутишь мего клёвые часики а через месяц придётся откручивать назад - за свой счёт :)

php-fpm

На бумаге.