В статье написано "Самая ходовая ракета SpaceX — Falcon 9 — работает на процессорах x86 на базе Linux, поэтому знание операционки необходимо многим сотрудникам компании."
но думаю можно и на fpga и других вариантах, тут вопрос в надёжности, тестировании, потреблении энергии, например, некоторый код может и на Atmel микроконтроллере работать, но тут наверно, они выбрали процессор, т.к. в линии обработки программы, его легче заменить.
например, если 1 процессор откажет остальные 10 будут работать,
но всё это слова, т.к. нужны реальные испытания с силами перегрузки например 5g - 8g.
Только имея реальные данные Вы сможете что-то планировать из программного обеспечения и микроконтроллеров, базы радиоэлементов.