EFS!
Форматируешь флешку под ntfs, и пользуешься штатным шифрованием каталогов и файлов (флаг encryption, например из проводника в свойствах или в командной строке attrib). Этот флаг конфликтует с флагом сжатия (либо сжатие либо шифрование). Шифруется только содержимое файла, но не имена (так же вроде бы не шифруются расширенные атрибуты filename.ext:extended_attribute_name).
Шифровать и работать с флешками можно будет только под тем аккаунтом (не важно, домен это или локальный), под которым она зашифрована, другие пользователи при попытке доступа в каталог (флаг можно устанавливать на файлы и каталоги) будет получать ошибку.
Потеря аккаунта = потеря данных (есть штатные инструменты windows для создания резервной копии ключей).
Есть возможность у файлов указывать каким пользователям предоставить доступ (там кнопка справа чекбоксика в свойствах - подробнее), для доменных пользователей нужно что бы сертификат у этого пользователя был уже создан (т.е. например он уже попробовал включить шифрование) и опубликован (не уверен как это делают в домене, что то типа 'корпоративный центр сертификации'), осторожно, если программа при редактировании файла пересоздает его, то этот список скорее всего сбросится, по умолчанию файлы шифруются только сертификатом текущего пользователя.
p.s. домашние ревизии не поддерживают EFS