Есть ли возможность указать отступ в байтах при создании файла ?
Нет.
Хочу попробовать записать файл прямо на badblock, список выдала команда badblocks в Ubuntu, их немного, но нужная прога вылетает.
Это невозможно в силу того, что блок это не часть файловой системы.
Вдобавок вы видимо плохо понимаете как работает современный диск, и что такими методами это уже давно не чинится.
Правда если у вас компьютер 25-летней давности, может быть и можно.