Сделай как писали выше. НО.
Не загрузишься ты с него потом. Потому что грузиться с SATA контролера и с USB это разные вещи. Сноси все драйвера контроллеров жесткого диска, и то, вряд ли это поможет.
С картами CF видел неоднократно телекоммуникационные платы, в которых записано ПО (ОС и т.д., они используются как жесткие диски), объем порядка 16-32Гб. Новые.
Там причин масса - флешка большая, неправильно делаете загрузочную флешку (чаще всего приходится линуксы запускать указывая initrd и ядро в конфиге). Ну и самое простое - образ диска загрузочного банально фрагментирован.
