Вообще говоря, в Windows, начиная с 7-ки, autorun со сменных накопителей отключен изначально, а в XP и Vista - в начале 2011 г. через обновления. Так что просто подключив флэшку заразиться нельзя.
Но вирусы, распространяющиеся через флэшки, обычно маскируют все файлы и папки на них и оставляют ярлыки, запустив которые, получишь вирус.