но они сразу создаются конечного размера, по 5 Гб каждый
А вы уверены, что это не sparse-файлы? Насколько я помню, когда давным давно юзал трансмишн, он не создавал целые файлы, а только разреженные.
Просто суть в том, что все файлы при создании раздачи идут как поток байт. Этот поток делится на чанки определённого размера. Так вот, этот чанк может захватить конец нужного вам файла, и начало ненужного, а скачать его частично вы не можете, только чанк целиком. Ну и, соответственно, если вы вдруг заходите потом докачать, клиент сохраняет конкретно этот маленький кусок.
Может быть, у вас ФС без поддержки разреженных файлов?