Я использую утилиту duplicity уже около 6 лет. Причем как для резервного копирования своего ноутбука, так и для копирования серверов, которые поддерживаю и администрирую.
Она простая, запускается из командной строки, поддерживает шифрование (GPG), бэкапы в определенную папку, на S3, ftp, и т.д. и т.п. Инкрементальное копирование с полным через определенные интервалы, разбиение копий на тома заданного размера.
Настоящий комбайн, при том достаточно простой. Например, вот часть моего скрипта для бэкапа ноута:
duplicity \
--full-if-older-than 3M \
--volsize 150 \
--exclude='**/*.pyc' \
--exclude='**/firefox/*/cache2' \
--exclude='**/lib/python2.7' \
--exclude='**/.thumbnails' \
--exclude='**/.virtualenvs' \
--exclude='**/.virtualenv' \
--exclude='**/thumbnails' \
--exclude='**/.xsession-errors*' \
--exclude='**/.PyCharm*' \
--exclude=/home/jmv/.Private \
--exclude=/home/jmv/.ecryptfs \
--exclude=/home/jmv/.cache \
--exclude=/home/jmv/.macromedia \
--exclude=/home/jmv/.adobe \
--exclude=/home/jmv/.nvm \
--exclude=/home/jmv/.local/share/zeitgeist \
--include=/etc \
--include=/home/jmv \
--exclude='**' \
/ $DEST
duplicity remove-older-than 12M --force $DEST
Простой
Средний
