... 24V, далее этот сигнал уменьшается с обычном делителем напряжении до 5V.
Насколько я помню, индекс I (India) означал любительскую версию, а U — промышленную с расширенным температурным диапазоном.
когда БП включаешь на материнке диод сверкает после этого каждый раз (ну это нормально было и раньше)
Ответ неверный.
Может, лучше, восстановить станок как он был?
Не путайте микроконтроллер и Ардуино. Микроконтроллеры [AVR] применяются сотнями миллионов штук, и в промавтоматике - тоже. Ардуино - для любительских поделок.