VT100

Раз это пьезопреобразователь, то у него возможна сильная зависимость ёмкости от приложенного напряжения. Имеется в виду, вероятно, что измерение надо провести при том-же [среднем] уровне постоянного напряжения, который будет приложен к преобразователю в реальной схеме.

1. Про то, что это сборка из 4 независимых резисторов - уже ответили.
Слева от R12 что? Напряжение питания или эти-же сигналы? Если первое - всё норм (см. ответ про "подтяжки"). Если второе, то номинал завышен на 1.5-2 порядка.
2. Я бы сказал, что достаточно от 1 до 10 кОм. Чем меньше - тем меньше влияние помех. Значение надо согласовать с последовательными резисторами в линиях, если они есть. Критерий - обеспечение достаточно низкого уровня при передаче " 0".
3. Х.З. что это. Что с другой стороны разъёма?

Усилитель мощности проверять (то, что запитано от разъёма "T" "DC board"). А с учётом "Сделал жирный жучок" и "Еще один странный момент," - лучше поручить это более сведущему человеку.

Лучше привести текущую схему, что-бы не вызывать потом ещё и телепатов.
Пока вижу два явных косяка и один предполагаю:

• Явный грубый, как уже отметил Владимир, - конденсатор на входе, срабатывающем по фронту.
  
• Явный нежелательный - использование программного SPI (aka ногодрыг). Делать надо хорошо (аппаратный), плохо - всегда успеешь.
  
• Предполагаемый грубый - резисторы в цепях питания 74HC595. Зачем?
  

Сейчас получается на плюс и минус питания по 1ком стоит(при 3.3v) и эти резистры общие для всех регистров, это всего 5 милиампер которые они делят между собой.