Можно попробовать вариант с подсовыванием BSDL-файла для этой ИМС (см. сайт Microchip/Atmel) в программу JAM Player от Altera/Intel на манер, описанный тут:
www.awce.com/avrjtag.htm
Предварительно, конечно, следует прозвонить - действительно ли это разъём JTAG от этой ПЛИС.