Основной недостаток ECB заключается в том, что одинаковые данные будут шифроваться в одинаковые блоки шифротекста, поэтому зная шифрованный текст для одного открытого текста (например для одного JSON) можно понять что другой файл это тоже JSON в определенной структуре. Если какие-то блоки из 16 октетов у файлов совпадают, то и в шифротексте
будут совпадающие блоки. Если у атакующего есть возможность получать шифротекст по открытому тексту (например инциировать запрос клиента и получать результаты шифрования, аналогично
BEAST) то можно попытаться подобрать недостающие неизвестные данные в блоке, причем в отличие от BEAST просто прямым перебором.
Имеет ли это значение зависит от того, как именно вы собираетесь использовать криптографию. Есть замечательное правило: "do not roll your own crypto". Если можно обойтись без криптографии - лучше обойтись без криптографии. Если вам надо шифровать данные - используйте готовые проверенные библиотеки и форматы криптоконтейнеров. Если вам надо шифровать потоки данных - используйте TLS с рекомендуемыми настройками.