Для получения ответа на столь обще поставленные вопросы имеет смысл сначала прочесть
документацию произовдителя.
В целом, вы понимаете правильно: подавляющая часть конфигурации Exchange хранится в AD, а потому резервное копирование сервера Exchange состоит, в основном, из резервного копирования данных (БД), а восстановление - в установке сервера Exchange в режиме восстановления и восстановлении БД. Но может потребоваться сохранение/восстановление нестандартных настроек служб (если есть), плюс, что-то надо делать с сертификатами: либо тоже сохранять/восстанавливать, либо перевыпускать после восстановления. Подробности см. в документации.
Для резервного копирования БД Exchange вполне достаточно встроенного Windows Server Backup (описано в документации). Сторонние программы предоставляют дополнительные удобные средства для управления резервными копиями, однако стоят денег. Так что, нужны они вам, или нет -разбирайтесь сами по месту.
И напоследок - имейте ввиду, что Exchange сильно зависит от AD, поэтому о сохраненности ее данных надо обязательно позаботиться.