На основном сервере все изменения VHD соответствующей ВМ пишутся в лог репликации (Hyper-V Replica Log, HRL), HRL-файл лежит рядом с VHD. Каждому VHD соответствует свой HRL, каждая операция записи внутри ВМ соответствует записи на VHD и записи в HRL. Дальше каждые 5 минут HRL-файл отправляется на сервер-реплику и пишет изменения в конечный VHD.
Из нюансов, которые могут влиять:
1. Размещение дисков ВМ на системном диске (а он форматируется с размером кластера 4К), а у вас этот диск одновременно используют ОС, ВМ и HRL. Кому система отдаст предпочтение? посмотрите на значения RND4K на графиках DiskMark.
2. Перенос ВМ на отдельный диск, отформатированный с размером кластера 64К, должен дать прирост производительности
3. ВМ Generation 1 и IDE-контроллер - в случае с Windows 7/8/8.1 с этим ничего не сделать, в остальных случаях - переезд на Generation 2, а IDE-контроллер - дело вкуса/привычки (у меня имеющиеся Hyper-V VM работают со SCSI).
We recommend that you only use IDE disks for OS disks. OS disks have performance limitations based on the maximum I/O size for their devices.
4. Собственно, ваш SSD. Какой (customer/enterprise), с какой прошивкой и т.д.
5. Журнал "Здоровье" -
Hyper-V storage I/O performance
6...
P.S. Я бы начал с выноса ВМ с системного диска на другой, а уже потом - прочие упражнения...