Можно конечно поставить запрет на выполнение конкретно на нужные папки, это заблочит не только exe, но и js и прочие разные scr.
Кроме appdata пользователю могут быть доступны и другие папки, куда есть права на запись. Например c:\intel\
Вам придется блокировать вообще все варианты, включая ВСЕ сетевые пути. Во всех придется установить запрет на выполнение, и все мыслимые запреты на обход запретов - например запуск с флешки, или подключенного NAS.
Кроме того, действия пользователя имеют причину. Либо это низкий уровень грамотности "скачать вибер бесплатно без регистрации", либо это намеренные действия. Первое лечится обучением и инструктажами, второе жесткими правилами и наказанием за нарушение.
Третий путь - локализация ущерба. Что бы там пользователь не наворотил - вышел он из системы - ничего не осталось. Навредить остальным - не может.