MyISAM
баланс на моем сайте
Сделайте мне это развидеть.
Это безотносительно проблемы. Хранить данные и нетранзакционное хранилище - взаимоисключающие вещи. Используйте единственное транзакционное хранилище в mysql - innodb. И добавьте внешние ключи.
Несколько маловероятно, что это непосредственная проблема, в штатном режиме даже myisam выборочно строки терять не должен так, что это заметил только конкретный пользователь. Более вероятна реакция mysql "аааа, таблица повреждена, я буду говорить только с админом". Впрочем, я давно уже не работал с myisam в продакшене, может и такое поведение тоже характерно.
А вот FK в режиме restrict вполне поможет от странных запросов.