Очевидно, в первую очередь она грозит все нарастающими сложностями по мере развития и роста приложения: чем больше внутри связей, тем труднее их отслеживать и учитывать. Как итог, внесение правок в тот или иной слой или компонент системы влечет собой трудопрогнозируемые изменения в поведении не только этого компонента, но и ряда других, с ним как-то связанных. По сути, это касается не только слоев как таковых, но и функциональных блоков внутри них.
Притча в тему:
Маркетолог спрашивает программиста: в чём сложность поддержки большого проекта?
Программист: ну представь, что ты писатель и поддерживаешь проект «Война и мир». У тебя ТЗ — написать главу как Наташа Ростова гуляла под дождём по парку. Ты пишешь «шёл дождь», сохраняешь, вылетает сообщение об ошибке «Наташа Ростова умерла, продолжение невозможно». Почему умерла? Начинаешь разбираться. Выясняется, что у Пьера Безухова скользкие туфли, он упал, его пистолет ударился о землю и выстрелил в столб, а пуля от столба срикошетила в Наташу. Что делать? Зарядить пистолет холостыми? Поменять туфли? Решили убрать столб. Получаем сообщение «Поручик Ржевский умер.» Выясняется, что он в следующей главе облокачивается о столб, которого уже нет…
Потом, есть еще традиционный вопрос заменяемости компонентов. Скажем, сегодня у нас View - это веб-интерфейс. А завтра заказчик захотел, скажем, десктопный клиент или клиент в виде Android-приложения. А у нас уже Business на веб завязан. Или Data использует какой-нибудь NHibernate, который захотели заменить на EF. Но фиг там - в Business вовсю хвосты NHibernate торчат, и теперь надо полсистемы переписывать.