Для начала Вам нужен сисадмин, судя по всему...
все панели, что маржбан, что 3x-ui имеют свой API. можете через него управлять
ну либо делать по нормальному - голый xray на сервере и свой API к нему
насчет количества - надо тестить. теоретически там обычный json(в xray), но в панелях еще и БД юзается....и по умолчанию sqlite
25к юзеров на1 сервак эт конечно мощно...)