Если Вы подключили сервер по ВПН куда то с использованием "шлюза по умолчанию", то конечно пропадёт доступ через стандартное подключение, ведь ВЕСЬ траффик ушёл в впн.....
Убирайте галочку "шлюз по умолчанию в удаленной сети" на l2tp подключении и прописывайте маршруты до нужных подсетей руками нужные...
По поводу того что это бред - поднимтаь такое на винде - уже написали)
Про то что гонять SMB по впн еще больший бред и проблемы - пока не написали)
Обычно связанность между филиалами реализуется на ШЛЮЗЕ сети... и все ПК прозрачно ходят куда надо