Да, в моей личной практике такое было. Но ЭЦП должна быть от валидного (реестрового центра) у обеих сторон. Вариант - ЭЦП у одной стороны, потом распечатка документа и подписание вживую другой стороной и уже живой документ отправлять, например, по почте.
У меня был первый вариант.