1. Сам файл точно не битый? Попробуйте открыть в условном Премьере и посмотреть поведение?
2. Используется прокси? Если нет - подключите, если да - отключите.
3. Попробуйте включить 1/4 рендеринга

Ну и стандартные миллион раз разжеванные советы:
1. Афтер Эффектс не программа для монтажа, не нужно закидывать туда весь файл, добавляйте только тот фрагмент, где будет композинг
2. Для больших файлов с большим разрешением и тяжелым кодировщиком используйте прокси (в целом, для афтер эффектса лучше брать "лёгкие кодировщики", до файлы будут весить по десятки гигабайт, но обрабатываться будут легче
3. Ну и в целом старайтесь придерживаться алгоритма: сначала сборка секвенции, потом монтаж, потом композинг отдельных кадров (если работаете в связке с премьером, то можно прям из премьера вызывать для нужного отрезка афтер эффектс), потом цветокор и саунд дизайн.