Почему бы и нет? Главное - укажите это в договоре, как подтверждение того, что обе стороны принмают этот способ контроля целостности передаваемых файлов.
В договоре необходимо указать :
- что именно передаётся, с материальной точки зрения. В Вашем случае - указывается перечень файлов, и их основные описательные характеристики;
- как именно передаются файлы (например - на носителе), согласно акта приёма-передачи. Стороны договорились о том, что целостность файлов подтверждается контрольной (хеш) суммой, которая рассчитыватся согласно алгоритма (MD5, SHA и т.д.) применительно к каждому бинарному файлу. Соответственно, в акте приёма-передачи указываете эти контрольные суммы, фразу что принимающая сторона проверила файлы и подтверждает что хеш суммы соответствуют указанным.