Дмитрий

Подскажите что сейчас входит в "Джентльменский набор" для установки с нуля?

Зависит исключительно от того для чего будет использоваться компьютер.

Ставят ли сейчас антивирусы, фаерволы и т.д? Если да, то какие?

Некоторые ставят. Всякие.

Может там какие-нибудь настройки нужны для защиты?

Есть.

Какие программы вы ставите в первую очередь?

Нужные мне.

Вопрос слишком общий, и не имеет ответа.

1. если мы говорим о RDP - то без лицензий 2. С лицензиями - сколько купите лицензий и на сколько хватит ресурсов.
2. вновь - если RDP, то каждому отдельного. Иначе второй выкинет первого.
3. Да, могут.
4. нет. Почитайте про расчет необходимых ресурсов для терминального сервера.

В общем в config файле например debian можно задать sub-interface br0:1 br0:2 etc

Я не знаю кто такой "общий config файл" и что вы имеете в виду под sub-interface...
Но:

1. Вообще то, под Subinterface понимается в самом общем виде любые логические сетевые интерфейсы, навешанные на реально существующий физический интерфейс:

In telecommunications and computer networking, a subinterface is a division of one physical interface into multiple logical interfaces. Routers commonly employ subinterfaces for a variety of purposes, most common of these are for routing traffic between VLANs, and in Non Broadcast Multiple Access networks such as frame-relay or ATM.

2. То, что показываете командой ip - это алиасный (синоним) IP адрес для интерфейса, которых может быть сколь угодно для одного интерфейса, например так:

bash-4.2$ sudo ifconfig eth0:0 192.168.2.5/24
bash-4.2$ sudo ifconfig eth0:1 192.168.3.5/24

См. алиасные IP
При этом пакеты с интерфейса будут уходить с тем же MAC адресом, но с другим IP адресом (в соответствии с таблицей роутинга).

3. С другой стороны, субинтерфейсы (их ещё называют виртуальные интерфейсы) могут создаваться дополнительными драйверами:
Виртуальный сетевой интерфейс
Ещё один виртуальный интерфейс

4. Всё это (про алиасные IP и т.д.) достаточно хорошо растолковано в стандартах и литературе по TCP/IP ... возьмите книжку Стивенса.

5. Любое дальнейшее уточнение на ваш вопрос зависит от того, чего вы хотите добиться от такого интерфейса.

Откройте для себя ansible

Это может быть и блок питания, и вспухшие конденсаторы на плате, и слетевший биос, и глючная память, и залипший выключатель, и потеря контакта в сокете процессора или слоте памяти, и даже остановившийся кулер с настройкой в биос выключаться при его остановке. Без вскрытия гадать бесполезно.

> что с бубунты пора съезжать вообще на что-то более серьезное

Этот человек — клоун начитавшийся форумов для чайников.
Ubuntu — мэйнстримный дистрибутив. Никуда съезжать с него нет нужды.

4х600 SAS - это мало для той инфраструктуры которую вы перечислили. 4х600 ожнозначно 10RAID и получаем всего 1,2Tb пространства из которых сразу же минимум по 80 Гб Уходит на каждый Windows-сервер. Squid хоть и можно развернуть на 10Gb но вам же скорее всего понадобятся отчеты и хороший запас логов по времени и придется отталкиваться от нагрузки на сам сервер, т.к. 4 процессора при 4Gb оперативы это не правильно, лучше уваличить RAM, CPU сократить, т.к. сквиду лучше кеш держать в памяти для производительности.
Zabbix, тут тоже надо считать от количества запросов и исходя из описанного 2CPU/2Gb достаточно, если опираться на официальную документацию.
Не забудьте DC продублировать на другом аппаратном сервере, как это требует рекомендации Microsoft.
Планируемый WDS надо обсчитывать, т.к. в режиме простоя он просто будет жрать дисковое место, а при работе нагружать сеть и диски.
SQL - отдельная тема, т.к. виртуализировать SQL нужно с умом. в идеале для него необходима отдельная дисковая подсистема. Но у вас не указана какого размера будут базы, сколько их будет, примерное количество транзакций и прочее.
Для каждого из вами описанных серверов/сервисов есть рекомендации от производителей, с которыми стоит ознакомится вне зависимости от того что посоветуют тут или где-либо еще, т.к. рекомендации производителей в разрезе нагрузок помогут вам самим сформулировать требования и необходимые атрибуты для расчета.

support.microsoft.com

www.file-extensions.org/article/more-information-a...

Я собственно не вижу различий в установке с флешки и с HDD. Потому собственно:

Интернет перерыт и свои попытки результата не дали.

кадждие 80 сек писать в файл
atop 80 > atop.txt

To  monitor the system load and write it to a file (in plain ASCII) with an inter‐
val of one minute during half an hour with active processes sorted on memory  con‐
sumption:

         atop -M 60 30 > /log/atop.mem

atop  [-g|-m|-d|-n|-u|-p|-s|-c|-v|-o] [-C|-M|-D|-N|-A] [-af1x] [-L linelen] [-Plabel[,label]...]  [ interval [ samples ]]

atop  [ interval [ samples ]]

Или примерно так)В зависимости от провайдера.

Что-то в этом роде)

Эксперименты возможно проводить на виртуалке.
Создали виртуалку, сделали копию. Покосячили виртуалку, запустили копию.
Так получится гораздо быстрей чем разворачивать бекапы.
пакеты qemu-kvm virt-manager