Файлы бутстрапа не трогать.
Переопределить одиним из 2 методов:
1) Подключить свой css ниже бутстрапа, в нём написать например
.navbar{
padding: 2rem 0.5rem;
}
Это переопределит отступы во всём бутстрапе
2) Добавить свой класс в конце:
<nav class="navbar navbar-expand-lg navbar-light myclass">
Дальше делаете то же самое, в свой css ниже бутстрапа добавляете:
.myclass{
padding: 2rem 0.5rem;
}
Это переопределит родные бутстраповские стили стили только в одном месте.