Если вам нужны как можно более свежие пакеты - Дебиан максимально неподходящий дистрибутив. В целом, как уже совершенно правильно заметили выше - лучше подключать отдельные репозитории, а не всю нестабильную ветку.
Единственное решение - использовать везде одинаковую схему. Либо отключайте шифрование везде, либо добавляйте в фрейме (например, запроксировав его через nginx).
Раз хотите мигрировать - наверное, в штате есть сотрудник, способный аргументированно выбрать дистрибутив и заодно рассказать, почему для хостинга бота админ-панель нафиг не нужна. В противном случае - укажите в вопросе на недостаток экспертизы.
Шифруете полностью систему на десктопах/серверах, внутрь ставите любое ПО для синхронизации - хоть Дропбокс, хоть Syncthing. На телефоне шифрование обеспечивается средствами ОС.
Нет никакой проблемы в создании N контейнеров с воркерами, балансировке между ними и масштабировании количества воркеров в зависимости от нагрузки - это называется уже не особо даже модным термином "оркестрация". Понятно, что "субьективно вам проще" - но добро пожаловать в 2022 год.
В чём заключается цель синхронизации? Отказоустойчивость предоставляет репликация базы и контейнеризация приложения, незачем тут, имхо, городить костыли сомнительного качества в угоду "незамороченности".