Целиком железные серверы не бэкапят - это довольно бессмысленно и затратно по месту, даже при использовании инкрементальных бэкапов. Целиком бэкапят виртуалки и контейнеры - потому что их-то как раз можно легко развернуть в таком виде в другом месте.
Подход к бэкапу ПО, развёрнутому на bare-metal, обратный - максимально фрагментированный, чтобы ничего лишнего. В вашем случае я бы сделал так - образ свежеустановленной ОС, бэкапы базы, бэкапы файлов ПО. Конфигурацию ОС можно описать декларативно в том же Ансибле.