Вы всегда можете проверить права на подпапку через вкладку effective access.
И проверить на какие объекты выданы права-выданы ли они на подпапки, не отключено ли в структуре папок наследование прав.
Больше при такой размытой постановке вопроса вряд-ли что-то можно посоветовать - знания NTFS Aсcess Lists и умения решать с ними проблемы - это стандартные знания системного администратора, вы можете обратиться к ним.