Вы путаете теплое с мягким.
Shadowsocks не обеспечивает вам маршрутизируемый туннель, а лишь обеспечивает вам socks прокси сервер, который можно использовать. Завернуть в него трафик нельзя, можно настроить софт на работу через прокси, либо перехватывать трафик каким-либо proxifier\socksifier и отправлять на порт прокси.