Ищите по признакам VMWARE. Их достаточно много, некоторыми даже пробовал пользоваться в качестве теста. Но ценник там неприлично высокий, если для себя. Небольшая таблица и обзор, правда немного устаревший, но еще актуальный.
Начните с оптимизации MySQL. Например с помощью mysqltuner. А еще проще, поставьте Битрикс бизнес, там есть монитор производительности. Можете следовать его подсказкам.
В конфиги лезть не надо, все параметры доступны из ISPmanager.