В документации есть пример настройки Spatie Permission с учётом модулей. Если это касается файлов для скачивания. Если системные, то никак. Это в первую очередь забота вашего сервера.
Отдавайте результат через ajax разные сущности в своих разделах. Резделы можно разлелить табами. Например по 10 результатов, затем можно уточнить где продолжить поиск.
Если PHP/MySQL то запускайте каждый сайт от отдельного пользователя через php-fpm. Ограничения можно настроить в пулах php-fpm. Дополнительно можете ограничить пользователя через Cgroup. Для пользователей MySQL тоже можно ограничить некоторые параметры.
ID поставляют, чтобы не заморачиваться с уникальностью. Поиск ресурса только по ID плюс любой SEF URL гарантировано наплодит дубли, если будут изменяться SEF URL.
