Sanes

1. Разнести филиалы по контекстам
   
2. Вынести поля в настройки контекста
   

Не зависит. Последняя миля за провайдером. Магистрали могут быть одни, а качество у провайдеров разное. Вряд ли проблемы на магистрале.
Голос тем более на десятом месте.

Сосредоточься на школьной программе.

LXC сильно ограничен, но может подойти. Пробуйте развернуть сервер в контейнере и лучше в LXD (там есть rest-api).
Если будут проблемы, следующим шагом я бы пробовал на OpenVZ/Virtuozzo.
И уже потом виртуализацию на уровне железа (KVM/Vmware/etc.).

Смотрите логи сервера и самого Opencart.

Я бы выбирал между Битрикс и CS-Cart. Если нужен полноценный магазин. А вообще поиск и импорт есть почти в каждом.

Фронтенд это HTML/CSS/JS

Для почты будет полезно. PTR запись должна указывать на hostname. Чтобы ваши письма в спам не летели. А некоторые сервисы даже в спам не пустят.

Резервировать после оплаты.

https://theideahosting.com/dns/

Учите PHP и API Modx. Работа предстоит нелёгкая.
Если сам Битрикс не предоставляет какой-нибудь виджет. Такое например есть в CS-Cart.

Проверил у себя. На месте файл index.html от приоритетного домена.
Работнику по рукам дайте. Домен приоритетный не для того, чтобы там проекты размещать, а для заглушки и настройки доп. приложений (PMA, Webmail).
И в файловом менеджере надо работать от имени пользователя. Хотя в последнее время заметил, что панель уже сама исправляет владельца.

Может как-то можно это сделать через фриланс?

Половина работы на фрилансе это как раз продажи и управление проектами.

Отказаться или привести в порядок Wordpress. От вас до Москвы не далеко.
А может и хостинг еще кривой. Такое тоже бывает.

Делайте на конструкторе. Никто не запрещает.

Дублировать в CRM.
Сами биржи по сути и есть CRM. Можно дублировать в свою или сразу вести дела в своей без биржи. AmoCRM должна подойти для этой задачи.

CS-Cart или Bitrix. Если не хотите потом страданий и вам достаточно их функционала.

Сделайте сначала, что-то общественно полезное. Без опыта вы никому не нужны.