Sanes

Хуже не будет.

Похоже задача выглядит так:
В форме заказа заполняется скрытое поле. Обычно туда подставляют URL или название товара.
Т.е. тебе надо вычленить из GET-запроса метку и подставить (value) в скрытое поле. Содержимое придет менеждеру на почту, согласно шаблону уведомления.

Пример 2-уровнего меню от Uikit 2.

Всё сфотографировать, подписать кабели и порты. Выйти в выходной и распутывать. Без проверки доступов ничего не трогать.

Добавьте нового пользователя и запускайте скрипты от его имени. PHP-FPM в помощь.

Любой, который сможет адекватно работать с вашим источником данных. Я бы выбирал между CS-Cart и Битрикс.

Пиши, если заняться нечем.

Стильно. Модно. Молодежно.

1. Разнести филиалы по контекстам
   
2. Вынести поля в настройки контекста
   

Не зависит. Последняя миля за провайдером. Магистрали могут быть одни, а качество у провайдеров разное. Вряд ли проблемы на магистрале.
Голос тем более на десятом месте.

Сосредоточься на школьной программе.

LXC сильно ограничен, но может подойти. Пробуйте развернуть сервер в контейнере и лучше в LXD (там есть rest-api).
Если будут проблемы, следующим шагом я бы пробовал на OpenVZ/Virtuozzo.
И уже потом виртуализацию на уровне железа (KVM/Vmware/etc.).

Смотрите логи сервера и самого Opencart.

Я бы выбирал между Битрикс и CS-Cart. Если нужен полноценный магазин. А вообще поиск и импорт есть почти в каждом.

Фронтенд это HTML/CSS/JS

Для почты будет полезно. PTR запись должна указывать на hostname. Чтобы ваши письма в спам не летели. А некоторые сервисы даже в спам не пустят.

Резервировать после оплаты.