Выбор инструмента верный, но если вам не очень понятен принцип работы LXC, то вам надо либо читать документацию, либо отказаться от задачи, но уж точно не писать такой вопрос на тостере. =) Парой фраз в ответе на вопрос вам никто не сможет помочь разобраться в довольно сложной теме.
А так, да - создавать для каждого инстанса отдельный контейнер, конечно.
На самом деле, и обёрток для управления контейнерами немало, но вам для решения вашей задачи LXC в общем-то вполне достаточно, подниматься на уровни выше и использовать более сложные обёртки над теми же механизмами смысла не много.
Вообще, вам надо почитать собственно о том, чем вы будете управлять, а именно о namespaces и cgroups прежде всего. Возможно, это поставит для вас всё на свои места...