McBernar

Немного банальностей:
1. Бизнес не даст ресурсов на переписывание проекта с 0: время и большие риски
2. Бизнесу как правило все-равно какое говно там крутится, лишь бы деньги приносило.
3. Если более-менее адекватное руководство - нужно донести идею постепенного рефакторинга кода по мере необходимости в процессе фикса багов и разработки новых фич и тем самым аргументировать что на разработку новых фич/фикс багов нужно больше времени.

Как я бы делал:
1. Тесты на существующие функции (если возможно, видел методы в контроллерах с мешаниной вызовов методов моделей, созданием DTO и сохранением их через репозиторий, прямых http-запросов и запросов в бд на 1000+ строк, покрыть такое тестами - невозможно)
2. Составить план рефакторинга, где отметить что и где надо сделать, коротко, в основном для команды разработчиков.
3. Постепенно рефакторить старый код по мере взаимодействия с ним.
4. Новый код - писать сразу правильно, для взаимодействия со старым кодом где нет возможности/времени его переделать - делать какие-то адаптеры, что бы не распространять токсичный код.
5. Как оперативная мера защиты от SQL иньекций можно поставить что-то вроде этого https://github.com/nbs-system/naxsi
6. Мониторинг кода, который не используется - pinba.org , по мере обнаружения такого кода - удалять безвозвратно (в крайнем случае есть VCS, я надеюсь). Начать с более высокоуровнего кода - контроллеры, напримерю. Плюс IDE в этом могут помочь и grep.
7. Как вариант - новые фичи можно пилить в отдельном проекте (v2), крутить оба и постепенно переходить на новый, со временем старый (v1) выкинуть (и начать делать новый - v3 :-) )

Удивительно, но в официальном репозитории есть пример прям про это.
А ещё есть курс для начнинающих на основе этого примера.
И всё про корзину продуктов! Радость, счастье!

каждый язык сделан под свою группу задач

так и есть.

якобы можно программировать все и на всем, различие только в простоте и лаконичности метода выполнения задачи.

Это так, но с некоторыми оговорками.

Компьютер понимает один язык - машинные коды.
Человеку этот язык крайне неудобен поэтому для удобства делаются языки более-менее понятные человеку после чего программа переводится в машинный код понятный компьютеру.

Например самый низкоуровневый - ассемблер.
Минимум абстракции близок к машинным кодам - язык очень гибкий и сделать на нем можно что угодно, но написать на нем обычный текстовый редактор вроде блокнота - это куча кода и месяцы работы.
Или взять C довольно низкоуровневый язык, позволяет что угодно, но тоже объемный проект очень долго писать, хотя конечно на порядок быстрее чем на ассемблере. Можно написать драйвер на нем.
А вот всякие C#, пайтон - это уже языки более высокого уровня - писать гораздо быстрее, не надо думать о выделении памяти, и вообще пофиг что там и как под капотом. Десяток строк кода и у вас уже работает нейросеть. Но драйвер для устройства на них уже не получится написать.

Ну и есть специализации - например php это язык для серверного бэкэнда для этого он разрабатывался и неплохо себя в этом показывает. Написать на нем обычное десктопное приложение затруднительно, хотя и можно, но это будет набор костылей.
Пайтон - универсальный, подходит для написания бэкэнда, для скриптов администратора, для научных расчетов, на нем можно и десктопные приложения писать.
C# заточен для работы в майкрософтовской инфраструктуре - если нужно написать десктопное приложение идеальный язык.
Java - корпоративный язык.
JS - скрипты администратора, фронтэнд.

При чём тут какая-то связка с php? Как php вообще относится к вёрстке? Если вы там адаптивности боитесь, то, лично моё мнение, вам ещё нужно подтянуть знания и вы себя в оценке переоценили))

Что насчёт самого макета, то я бы сказал, слишком лёгкий. Чё тут делать то? Карту вставить? Подвигать стрелочки при наведении через css? Сделать кнопку с раскрытием меню?

P.S. Я никак не хочу обидеть или оскорбить вас, но я не понимаю, сути вашего вопроса. У вас навыки 70% х 30%, а вы вместо того, что бы начать верстать, пришли сюда с глупым вопросом, а не слишком ли сложно!

Toggl

Как правило компания делает доя себя, а она при этом морской порт... Со временем грамотный менеджер понимает — у всех порты одинаковые, а только мы круты в автоматизации. Выделяется отдел в отдельную компанию и сам порт-владелец уже не сам заказчик, а один из заказчиков...

Всё тоже самое, но только изначально компания внешняя... Сделала заказ и поняла, что стоит тут копать и переиспользовать разработки.

Вариант 3. Основатель такой компании работал над некими проектами, как описано выше, но компания замкнулась на основном заказчике и не шла в тренде... Все :)

но про что обычно не пишут в книжках.

В книжках, как раз и пишут.
Например:
Чистый код Роберта Мартина,
Совершенный код Стива Макконнелла
Паттерны проектирования, тоже, можно сказать, про это.

Естественно, нет, потому что всё, что вы описали - это не какое-то тайное знание, которое можно только запомнить, а логичные приёмы, которые следуют из знания фундаментальных принципов и анализа требований к продукту. Если попытаться заменить фундаментальные знания таким сборником прецедентов, он получится гигантским и совершенно непригодным для освоения - столько всего просто нельзя запомнить. Объем фундаментальных знаний - на порядки меньше объёма частностей, которые из них выводятся, но сложность этих знаний, при этом, выше. Кто фундаментальные знания не осилил, остаётся говнокодером, пока не осилит.

Выполните в консоли monitorEvents(document.body); Увидите все события по мере их появления. Если надо фильтровать - второй аргумент для этой функции: monitorEvents(document.body, 'click'); - покажет все клики.