но про что обычно не пишут в книжках
Что вы, в книжках как раз такое и пишут. Вот например, ваш вопрос про хранение хэшей паролей, а не их plain-text представления, наверняка прекрасно рассмотрен в книге
https://www.amazon.com/Web-Application-Security-Be... . Это первое что мне попалось в поиске, но судя по индексу и содержанию, там это всё 100% будет.
прочитав учебник, начинает чтото писать и только потом случайно узнает
Да, возможно такое, учебник ведь не один нужно прочитать.
Вы наверное уже хотите сказать - а прочитал ли я хотя бы по одной из книг на каждый приведённый вами пример? Нет, в целом я прочитал не так много книг. В какой-то момент я: а) начал делать законченные работающие вещи (приложения/скрипты/etc); б) устроился на работу; в) ещё до всего этого научился вовремя задавать себе вопрос "а правильно ли я делаю?". Количество источников информации повышалось: к книгам и лекторам добавились коллеги, потом добавилось чувство "что-то я говнокод пишу, нельзя ли получше". После этого гуглить и совершенствоваться приходится каждый день.
Вы по большому счёту спрашиваете - где я могу найти сайт, чтобы пройти этот путь за N дней/недель. Вы не одиноки - все так хотят. Более того, многие думают, что "тот чувак" когда-то нашёл такой "сайт" и поэтому такой молодец теперь.
Если бы был такой "сайт", сеньорам с 10-летним опытом, которые лет 15 (10 лет полноценного стажа ПЛЮС лет 5 обучения и подработок) собирали информацию из тысяч истоничков и испытывали её на себе, не предлагали бы зарплаты в сотни тысяч рублей.