Пример массивов для 5 городов, разницу в размере кода видно даже на глаз...
варик от rsa97

var err = 'выберите разные города';
	prices = {
	  khabarovsk: {
		khabarovsk: err,
		moscow: 1200,
		spb: 1000,
		rdn: 750,
		smr: 888
	  },
	  moscow: {
		khabarovsk: 1200,
		moscow: err,
		spb: 500,
		rdn: 650,
		smr: 777
	  },
	  spb: {
		khabarowsk: 1000,
		moscow: 500,
		spb: err,
		rdn: 550,
		smr: 555,
	  },
	  rdn: {
		khabarowsk: 750,
		moscow: 650,
		spb: 550,
		rdn: err,
		smr: 444
	  },
	  smr: {
		khabarowsk: 750,
		moscow: 650,
		spb: 550,
		rdn: 888,
		smr: err
	  }
	};
$( "select.city_choice" ).change(function() {
	$('.final_price').html(prices[$('#city_from').val()][$('#city_to').val()]);
});

мой варик (и принцип наполнения массива видно на глаз... хотя в первом варике наверное удобнее заполнять города, если заполняет секретарша, но в случае ошибки туда или обратно будет по разной цене, в моем варике это исключено):

var err = 'выберите разные города';
	altprices = [
		['moscow','khabarovsk',1200],
		['moscow','spb',500],
		['moscow','rdn',650],
		['moscow','smr',777],
		['khabarovsk','spb',1000],
		['khabarovsk','rdn',750],
		['khabarovsk','smr',888],
		['spb','rdn',550],
		['spb','smr',555],
		['rdn','smr',444]
	];
	$( "select.city_choice2" ).change(function() {
		for(var i = 0; i < altprices.length;i++){
			if ($('#city_from2').val() == $('#city_to2').val()) {
				$('.final_price2').html(err);
				return;
			}
			if($.inArray($('#city_from2').val(), altprices[i]) != -1 && $.inArray($('#city_to2').val(), altprices[i]) != -1){
				$('.final_price2').html(altprices[i][2]);
			}
		}
	});

https://jsfiddle.net/xpvt214o/717290/