LollyFox

Во-первых CRM к производству и учету отношения не имеет, это несколько из другой оперы.
Во-вторых из бесплатного ничего в голову не приходит. Из 1С под описанные требования лучше всего пожалуй посмотреть "1С:Управление нашей фирмой" (УНФ). Функционально в УНФ есть приход, расход, контроль остатков материалов, готовой продукции, денежных средств, производство и много что ещё (в том числе и немного CRM). Есть как "коробочный" вариант УНФ, который можно установить на свой сервер, так и в облаке. Облачный вариант изначально кроссплатформенный и позволяет работать с помощью обычного веб-браузера с любого устройства, имеющего доступ в Интернет + есть дистрибутивы тонкого клиента 1С для разных ОС (Windows, Linux, MacOS, iOS, Android). На первый месяц можно получить бесплатный доступ к облачной версии 1С:УНФ.
Поддерживается возможность миграции типовой базы УНФ со своего сервера в облако и наоборот, т. е. если функционально программа устроит, то можно будет базу со всеми введенными за месяц в облаке данными перенести на свой сервер и продолжить работать.

Количество информационных баз в данном случае не имеет особого значения. Важнее сколько всего одновременных пользователей, сколько в одной базе, размеры баз, файловые или SQL, способ подключения клиентов к серверу, HDD или SSD... - ничего этого вы не указали, а без этого будет гадание на кофейной гуще.
Если пользователей больше десятка, базы файловые в расшаренной папке, а диски HDD, то запуск 20 мин - это вполне ожидаемо.

Сервер на windows (есть мысль, что во всём виноват он, так ли это?

Скорее всего, но не факт, что переход на линкус решит проблему, т.к. проблема не в ОС.

Что уже предпринято:
- nethasp на CentOS проверен, он явно указывает на сервер лицензий
- разрешение выдавать лицензии серверу на БД на CentOS отключать пробовал: лицензия не находится
- в nhsrv на сервере лицензирования через NHS_IP_LIMIT запрещал выдавать лицензию серверу с CentOS

Настройки конфигурационных файлов nethasp.ini и nhsrv.ini предназначены для HASP ключей и не имеют никакого отношения к программным лицензиям.

Проблем в следующем: никак не удается заставить клиентов при подключении через веб-доступ получить ПРОГРАММНУЮ лицензию с сервера лицензий.

Все так и есть, клиенты могут получить программную лицензию сами только в случае, если на каждом клиентском ПК была активирована однопользовательская лицензия или в случае если клиент подключается к серверу по RDP. Во всех остальных случаях программную лицензию клиенту выдает или сервер 1С:Предприятия или модуль веб-сервера (для файловых баз).

Решение найдено, но пока не проверено. Подробности можно прочесть здесь

Это все же немного другая история - сервер лицензирования все равно не может выдать лицензии сразу клиентам, а только серверу 1С, а потом уже сервер выдает их клиентам.

Если есть хоть один зарегистрированный продукт 1С, то все дистрибутивы для любой ОС можно скачать бесплатно на официальном сайте техподдержки.
https://releases.1c.ru/project/Platform83
Выбираете требуемый релиз и там будет список доступных дистрибутивов.

И списка тех, с которыми 1С проверено работает, выбирай тот, который лучше знаешь.

Хотели перевести в 1С:Фреш, но ребята оттуда сообщили, что мы не можем доработанную конфигурацию залить во фреш.

Все правильно сказали - во облаке 1С:Фреш только типовые конфигурации, но можно посмотреть другие облака.

Было решено арендовать сервер и в тупую расположить там базу в файловом варианте. Но всё упёрлось в то, что 1С вечность грузит базу и в итоге отваливается с ошибкой, причём каждый раз с разной.

Похоже, что слабоватенький сервер и не хватает ресурсов. Посмотрите облака помощнее.
Например, вот у этих франчей есть вариант работы с доработанной "1С:Бухгалтерия сельскохозяйственного предприятия" в облаке 1С:ГРМ (также, как фреш от самой 1С, мощностей точно хватит), но цена там выше, чем во фреше - где-то 1500 руб./мес. за одного пользователя + знаю, что обновление доработанной конфы там жутко неудобное - надо сначала выгрузить базу из облака на локальный ПК, обновить локально и только потом снова загрузить в облако + во время этой процедуры (в промежутке между выгрузкой и загрузкой) работать в облаке смысла не имеет, т.к. данные не сохраняются.
На первый месяц могут дать доступ бесплатно и загрузить вашу доработанную базу - сможете сами проверить работоспособность, скорость и пр.
Плюс решения, что не нужен админ и не нужно отдельно платить за подписку ИТС - она уже входит в стоимость аренды + если будете платить больше чем за 5 пользователей, то база автоматически переводится в SQL без дополнительной оплаты.

Теоретически есть и другие варианты:

1. Арендовать не готовое облако с 1С, а только виртуальный сервер, но нужен свой админ + могут быть проблемы с лицензиями, т.к. у 1С программные лицензии привязываются к параметрам ВМ и если владелец сервера надумает что-то поменять, то лицензия слетает. Еще минус, что придется платить как за аренду виртуального сервера, так и за ИТС в полном объеме.

2. Поднять свой собственный сервер (терминальный или веб-сервер). Потребуется покупать свой сервер + свой администратор, но зато потом можно не платить за аренду железа и оплачивать только за ИТС. Причем лучше веб-сервер, чем терминальный, т.к. это дешевле с точки зрения лицензирования и выше безопасность.
6 Гб - это уже не мало, пора подумать о переходе на SQL.

Если все клиенты в локальной сети и производительность клиентских машин позволяет, то с точки зрения скорости и стоимости терминал имхо избыточен, но следует учитывать вопросы удобства, безопасности и пр.

Если клиентский ключ однопользовательский (фиолетовый с маркировкой ORGL8), то по RDP он работать и не должен. Какие-то параметры прописывать в nethasp.ini в этом случае смысла не имеет, т.к. HASP LM не работает с однопользовательскими ключами и раздавать их не умеет.

Файл выгрузки из УТ - это такой же файл, как и любой другой. Как любой другой файл его естественно можно расшарить по сети и к 1С эта задача не имеет уже никакого отношения.
Вопрос в том, какие именно данные должен содержать этот "файл выгрузки" и в каком формате?
В файле может быть как полностью копия всей базы со всеми документами, так и только одна цифра, например, остаток на расчётном счете.

Бакуп базы есть только середины прошлого года.
Вопрос: как починить базу?

Вопросы надо задавать тому гению, кто делал обновления с перескоком через релизы без бекапа.

несколько новых конфигураций

Надо точнее, какая версия конфигурации была изначально, какие именно обновления накатывали, какой релиз стал сейчас.
При обновлении конфигурации 1С необходимо соблюдать последовательность.
Опытные специалисты могут себе позволить "перепрыгнуть" через некоторые релизы, но в этом случае нужно знать какие именно из версий можно пропустить, какие пропускать нельзя и что делать в случае возникновения проблем.
К сожалению вы не указали никаких точных параметров, возможно при установке ваших "нескольких" новых конфигураций вы пропустили только одно критически важное обновление, которое нельзя было пропускать, а возможно таких обновлений было пропущено с десяток.

Нужно:
- что-то придумать для того, чтобы удалённые пользователи могли заходить в 1С на сервер через браузер.

Если я правильно понимаю, то проблема в том, что конфигурация на обычных формах. Если это так, то работать через браузер оно не будет.
Для удаленной работы через интернет смотрите в сторону RDP.

В типовой конфигурации "Бухгалтерии предприятия" нет ЕСХН.
ЕСХН есть в специализированных отраслевых конфигурациях, например: "1С:Бухгалтерия сельскохозяйственного предприятия" или "1С:Бухгалтерия крестьянско-фермерского хозяйства".
Как вы собрались настраивать. ЕСХН в типовой БП - этого я не понимаю.

Если лицензирование "per user", то каждый пользователь должен быть обеспечен лицензией и не важно, одновременно все подключаются или по очереди. Поэтому чаще все же применяется вариант "per device" - на устройство. Исключение составляют случаи, когда пользователей существенно меньше, чем лицензируемых устройств, например, офис где у каждого из сотрудников несколько компьютеров (рабочий, домашний, ноутбук...).

Яндекс изменила политику безопасности при работе со сторонними приложениями. Теперь для настройки почты в программах 1С необходимо указывать специальный пароль приложения, а не основной пароль от учётки. Идея в том, что бы не светить сторонним приложениям основной пароль, который даёт полный доступ ко всем службам и сервисам Яндекса.
Для настройки почты Яндекс в программах 1С в разделе безопасности личного кабинета Яндекса необходимо сгенерировать специальный пароль для стороннего почтового приложения и в настройках 1С указывать его.



Подробнее Настройка электронной почты Яндекс в программах 1С

достаточно сменить библиотеку backbas.dll на заранее пропатченную и всё!

Патченная backbas.dll уже давно палится платформой и программа вылетает с ошибкой "Обнаружено нарушение целостности системы"

Начните с простого:
- почистите кэш, причем как клиенте, так и на сервере,
- запустите толстым клиентом,
- запустите на х64 клиенте...
если после какого-то из советов заработает, то можно будет делать какие-то выводы,
если не поможет, то значит случай посложнее, смотрите ТЖ

Платформа древняя + по всей видимости ломанная

Как убрать эту кнопку в нижнем левом углу тонкого клиента?

В интерфейсе ТАКСИ разработчики уже сами убрали кнопку "История" из левого нижнего угла...
теперь она в правом верхнем углу )))