Сервер на windows (есть мысль, что во всём виноват он, так ли это? стоит ли переехать на линукс?)
Нет. Быстрее на линуксе работать не будет.
Быстродействие достигается грамотной организацией инфраструктуры и правильным подбором железа.
В остальном нужно больше информации.
Средний размер одной базы, сколько всего пользователей активных, сколько пользователей в среднем работает в одной базе в один момент времени, что за базы типовые или нет, если да то какая конфигурация.
Если предположить что базы файловые то -
- Обратить внимание на клиентские компьютеры которые работают с базой - SSD и8гб озу обязателны. Именно на клиентах. Ну и настройка процессора на максимальную производительность.
- Сеть, и организация шары. Сеть должна быть нормально настроена и работать четко.
- Базы на сервере на SSD желательно, обязательно форматировать диск под базами с размером кластера 8к.
- Обратить пристальное внимание на обслуживание БД. Регулярно проводить реиндексацию и сжатие баз. В процессе работы, а особенно при обновлениях базы распухают - а это все приходится тащить по сети.
В общем при нормальной настройке база должна открываться примерно за 1-2минуты. Быстрее не получится. А этих результатов достичь вполне реально.
Из явно видных проблем - raid 1 из 2-х дисков.
Сразу возникает подозрение что на этом массиве установлена система и лежат базы. Так делать нельзя.
Сделали рэйд под систему - отлично. Но под базы будьте добры выделить отдельный диск или рэйд.