В прошлом году была 0002-УТ-001
Сомнительно, что номер был именно 0002-УТ-001, скорее что-то типа 02УТ-001
и да, в этом случае максимальный возможный номер документа будет 99, а 100 и более 1C автоматически присвоить не сможет. В типовых конфигурациях "Бухгалтерия предприятия, ред.3.0" и "Управление торговлей, ред.11" формат номера реализации состоит из 10-ти символов, из которых первые два символа - это префикс организации, вторые два - это префикс информационной базы, пятый символ (после дефиса) специальный пользовательский префикс (по-умолчанию "0").
Т.е. если ничего не трогать руками, то максимальный возможный номер накладной 99999.
Ваша проблема в том, что при начале работы кто-то удалил незначащие нули, соотвественно сократив максималный номер до 99.
Перенумеруйте документы за этот год, добавив незначащие нули в номера всех документов.
Если работаете во фреше, то лучше обратиться к специалистам.
Если настроена синхронизация облачной 1С:Бухгалтерии с локальной 1С:Управление торговлей, то с перенумерацией надо быть осторожнее, т.к. можно получить дубли документов.