Причин может быть много, например, не тот файл обновления, конфигурация была снята с поддержки или версия конфигурации поставщика отличается от конфигурации базы, но в таких случаях обычно выходит сообщение "
Файл не содержит доступных обновлений", которое невозможно не заметить.
Скорее всего в вашем случае предыдущее обновление было выполнено некорректно, не до конца или база была повреждена. Для того, что бы понять причину откройте окно настройки поддержки:
Проверьте типовая ли конфигурация, находится ли она на поддержке и совпадает ли версия конфигурации поставщика с версией ИБ.