Я в качестве первой ФС брал FAT16. Она очень простая и поддерживается практически всеми современными системами. Гугли "Microsoft FAT Specification", - это PDF на 37 страниц, подробный, последовательный, с примерами кода.
Используй INT 13h для доступа к накопителю. Напиши свою утилиту format. Если отформатированный твоей утилитой накопитель распознает сторонняя система, то ты на правильном пути :)
Дальше пишешь функции для чтения, записи и удаления файлов в FAT - это тоже будут обёртки над INT 13h: прочитал сектор(а) в буфер, модифицировал, записал.

Скорее всего, виндовый загрузчик не может найти свою конфигурацию. Так как ты уже запускал систему после клонирования, то твоему текущему диску присвоился новый ID, а загрузчик ищет конфигурацию на старом.
Загрузись с установочного диска/флешки, нажми Shift+F10 и выполни bootrec /rebuildbcd. Обычно этого достаточно.
Если не помогло, то создай новый BCD вручную с помощью BootICE (понадобится какой-нибудь Live на базе WinPE). В том же BootICE можно проверить, есть ли UEFI-запись для Windows Boot Manager и добавить/исправить её при необходимости.

Для Win 7 и старше (Vista, XP) есть PPJoy. На Win 10 1511 мне тоже удавалось его запустить, на более новых билдах не пробовал. Он довольно давно заброшен, но вполне работает, нужно лишь разрешить загрузку кода с тестовой подписью (bcdedit -set TESTSIGNING ON). У него в комплекте есть утилита PPJoyMouse, которая делает именно то, что Вам нужно.
Для Win 10 (и 11?) есть vJoy. К сожалению, готовой утилиты, которая бы координаты по обеим осям трекпоинта скармливала ему, нет. Есть MouseToVJoy, но она отправляет только ось X, а за Y там отвечает зажатая левая кнопка мыши. Зато у vJoy есть простенький SDK с примерами на C++ и C#, и написать свой источник координат не должно составить большого труда.